ระบบ "Three Man Cell"
ระบบการเล่นที่เป็นจุดสำคัญของเกมในภาคนี้ ผู้เล่นสามารถสร้างทีมนินจาโคโนฮะที่ตัวเองชื่นชอบมาได้อย่างอิสระ นั่นคือเมื่อผู้เล่นรับมอบภารกิจมาแล้วก็จะเข้าสู่หน้าจอการเลือกสมาชิกทีมที่จะใช้ออกปฏิบัติภารกิจ ซึ่งสมาชิกที่เลือกใช้ได้จะจำกัดให้เลือกเฉพาะนินจาในหมู่บ้านโคโนฮะเท่านั้น ก็อย่างที่ชื่อเกมบอกเอาไว้อยู่แล้ว แต่นอกเหนือจากพวกนินจาเกะนินฝึกหัว ผู้เล่นก็ยังสามารถเลือกนินจาระดับอาจารย์อย่างเช่น คาคาชิ หรือ ไก ไปใช้ได้เหมือนกันหากสถานการณ์ทำให้สามารถเลือกใช้ได้ จะเลือกคนที่ชอบหรือเลือกตามความสามารถก็เลือกได้ตามใจชอบเลยเล่นร่วมมือกันสองคนก็ทำได้
เพราะว่าทีมนินจาโคโนฮะในภาคนี้มีสมาชิกทีมถึง 3 คนจึงไม่ใช่เรื่องยากที่จะทำการเพิ่มโหมดการเล่นสองคนร่วมมือกันได้เข้าไป หากเล่นคนเดียวไม่สนุกหรือไม่พอใจในความงี่เง่าของ AI ที่เป็นเพื่อนร่วมทีมก็สามารถชวนเพื่อนๆมาช่วยเล่นแทนได้ทุกเมื่อ แถมยังเลือกตัวที่จะบังคับได้อย่างอิสระอีกต่างหากSource: Famitsu.comClick to see some screenshot / คลิกเพื่อดูบางส่วนของภาพสกรีนช็อต
